Прежде чем разбирать проект сразу предупрежу: остаток можно рассчитать только в форме итогов - это основное предназначение данной формы.
Если возникнут вопросы по настройке формы итогов - задавайте.
В форме "Контроль" (на базе объекта "Контракт") имеются два дочерних списка "Содержание" и "Заявки". Данные объекты не взаимодействуют между собой. И установка взаимных ссылок друг на друга в этом не поможет. Когда по ссылке открывается список записей указанного объекта - при выборе записи Вы устанавливаете только ссылку на неё из этого объекта, а также можно получить данные этой записи. При этом программа не знает - используется ли этот объект в других дочерних списках этой формы, или не используется.
В будущем планируются различные инструменты для задач, наподобие Вашей, а также возможность расчёта остатков непосредственно в объекте, не прибегая к помощи формы итогов.
На данный момент самое большое неудобство - это необходимость смотреть остатки в форме итогов, а затем возвращаться к объекту/форме связи. В версии 6.1 будет добавлен инструмент для перехода между любыми формами над объектом и самим объектом для выбранной записи.